Berdirinya Universitas Wiraraja tidak bisa terlepas dari peran dan dedikasi tokoh masyarakat, pendidik, pengusaha dan Pemerintah di Kabupaten Sumenep. Kampus di ujung timur pulau Madura, Jawa Timur ini, berdiri dengan dipelopori  oleh : Drs. H. A. Said Hidayat, M.Si, Kepala Kantor Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Kabupaten Sumenep ( 1985-1995 ); Soegondo, Bupati Sumenep ( 1985 – 1995 ); Waseol Djakfar, BBA., Kepala Sanggar Kegiatan Belajar Sumenep; dan Syafrawi, Karyawan Bank Negara Indonesia 1946. Pada hari Jum’at, tanggal 25 Juli 1986 bertepatan dengan 18 Dzulqa’dah 1406 Hijriyah, didirikanlah Yayasan Universitas Wiraraja Sumenep, sebagai badan hukum penyelenggara Universitas Wiraraja yang didirikan dengan akta Notaris Abdul Kohar, SH., Notaris di Surabaya, Nomor : 159, Yayasan ini kemudian mendidirikan PTS yang diberi nama Universitas Wiraraja dengan Fakultas yang dibina :

  1. Fakultas Pertanian, Jurusan Sosial Ekonomi Pertanian Program Studi Sosial Ekonomi Pertanian untuk jenjang program S1;
  2. Fakultas Hukum, Jurusan Hukum Keperdataan Program Studi Ilmu Hukum Program Kekhususan Hukum Keperdataan untuk jenjang program S1;
  3. Fakultas Ekonomi, Jurusan Manajemen, Program Studi Manajemen Perusahaan, untuk jenjang program S1; dan
  4. Fakultas Ilmu Administrasi, Jurusan Ilmu Administrasi Negara Program Studi Ilmu Administrasi Negara, untuk jenjang program S1.

dengan status terdaftar berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor : 0618/O/1989, tanggal 21 September 1989.

Pada awalnya Kampus Universitas Wiraraja beralamat di Jl. Raya Lenteng, Desa Batuan, Sumenep, Kotak Pos 124. Kondisi ruang untuk perkuliahan maupun ruang untuk administrasi masih sangat minim dan sederhana karena memanfaatkan bangunan gedung SKB (Sanggar Kegiatan Belajar) milik Pemerintah Kabupaten Sumenep yang biasanya digunakan untuk penyelenggaraan pelatihan dan peningkatan kompetensi aparatur. Pada tahun 1988 semua kegiatan akademis maupun administratif dipindahkan ke Kampus baru di Jl. Raya Sumenep – Pamekasan Km.5 Patean – Sumenep, hal ini disebabkan karena kampus lama yang merupakan pinjam pakai milik Pemerintah Kabupaten Sumenep sudah tidak diperpanjang lagi karena sudah tidak dapat menampung jumlah mahasiswa yang semakin meningkat dari tahun ke tahun. Selanjutnya kampus Universitas Wiraraja di        Jl. Raya Sumenep – Pamekasan Km. 5 Patean Sumenep ini dipergunakan sampai sekarang.

Tahun 1996 diadakan pembukaan satu Fakultas baru yaitu Fakultas Teknik dengan Program Studi Teknik Sipil untuk jenjang Program S1 sesuai Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor : 47/DIKTI/Kep/1996, tanggal 26 Pebruari 1996, tentang pemberian status terdaftar pada jurusan Teknik Sipil Program Studi Teknik Sipil Fakultas Teknik di lingkungan Universitas Wiraraja.

Pada tahun 2006 berdasarkan akta Notaris IRA ANGGRAINI, SH., Notaris di Kabupaten Sumenep, tanggal 31 Agustus 2006, Nomor : 21, terjadi perubahan nama badan penyelenggara dari Yayasan Universitas Wiraraja menjadi Yayasan Arya Wiraraja, dan selanjutnya pada tahun 2010 diadakan alih kelola badan penyelenggara dari Yayasan Arya Wiraraja dalam Likuidasi kepada Yayasan Arya Wiraraja berdasarkan Akta Berita Acara Rapat Yayasan Arya Wiraraja Nomor : 42, tanggal 27 Nopember 2010, dibuat dihadapan Notaris SJAIFURRACHMAN, SH., MH., akta alih kelola ini telah mendapat pengesahan berdasarkan SK Menteri Riset Teknologi dan Pendidikan Tinggi,  Nomor : 473/KPT/I/2016, tanggal 8 Nopember 2016. Susunan pengurus Yayasan terakhir dengan akta Notaris Nomor : 11, tanggal 9 Juni 2010, dan telah terdaftar di Kementerian Hukum dan Hak Asasi Manusia dengan Nomor : AHU.4036.AH.01.04 Tahun 2010, tanggal 27 September 2010.

Tahun 2008 diadakan pembukaan Fakultas Ilmu Kesehatan, dengan dua Program Studi yaitu :

  1. Program Studi Kebidanan untuk jenjang program D3, sesuai Surat Izin Penyelenggaraan Program Studi dari Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan Nasional Nomor : 2212/D/T/2008, tanggal 15 Juli 2008.
  2. Program Studi Ilmu Keperawatan untuk jenjang program S1, sesuai Surat Izin Penyelenggaraan Program Studi dari Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan Nasional Nomor : 2733/D/T/2008, tanggal 13 Agustus 2008.

Tahun 2008 juga diadakan pembukaan Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan dengan Program Studi Pendidikan Ilmu Pengetahuan Alam untuk jenjang Program S1 sesuai Surat Izin Penyelenggaraan Program Studi dari Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan Nasional Nomor : 2942/D/T/2008, tanggal 04 September 2008.

Tahun 2012 diadakan pembukaan satu Program Studi pada Fakultas Ilmu Kesehatan yaitu Program Studi Profesi Ners, sesuai Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor : 367/E/O/2012 tentang Penyelenggaraan Program Studi Profesi Ners pada Universtas Wiraraja tanggal 07 Nopember 2012.

Tahun 2014 diadakan pembukaan satu Program Studi pada Pascasarjana Universtas Wiraraja, yaitu Program Studi Ilmu Hukum untuk jenjang Program S2 sesuai Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia, Nomor : 178/E/O/2014, tanggal 17 Juni 2014.

Tahun 2015 diadakan pembukaan satu Program Studi pada Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan, yaitu Program Studi Pendidikan Guru Sekolah Dasar untuk jenjang Program S1 sesuai Keputusan Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi Republik Indonesia, Nomor : 162/M/Kp/IV/2015, tanggal 14 April 2015.

Tahun 2015 diadakan pembukaan satu Program Studi pada Fakultas Pertanian, yaitu Program Studi Teknologi Hasil Pertanian untuk jenjang Program S1 sesuai Keputusan Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi Republik Indonesia, Nomor : 490/KPT/I/2016, tanggal 15 Nopember 2016.

Tahun 2019 diadakan pembukaan program studi pada Fakultas Ilmu Kesehatan yaitu Program Studi Kebidanan untuk jenjang Program S1 dan Pendidikan Profesi Bidan Program Profesi sesuai Keputusan Menteri Riset, Teknologi dan Pendidikan Tinggi Republik Indonesia, Nomor : 620/KPT/I/2019, tanggal 26 Juli 2019.

Tahun 2020 diadakan pembukaan satu Program Studi pada Fakultas Teknik yaitu Program Studi Informatika untuk jenjang Program S1 sesuai dengan Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia, Nomor : 185/M/2020, tanggal 31 Januari 2020.

Universitas Wiraraja didirikan untuk berkontribusi pada upaya mencerdaskan kehidupan bangsa melalui pelaksanaan Tridharma Perguruan Tinggi secara bermutu serta mampu mencetak lulusan yang kompeten di bidang ilmu pengetahuan dan teknologi, mempunyai etika yang baik, memiliki jiwa enterpreuner serta rasa cinta tanah air yang tinggi.