Pimpinan universitas adalah Rektor dan para Pembantu Rektor, bertugas antara lain menjalankan fungsi pengelolaan universitas secara keseluruhan, melaksanakan penyelenggaraan pendidikan, penelitian dan pengabdian kepada kepada masyarakat, membina sivitas akademika (dosen & mahasiswa) serta membina hubungan dengan alumni, baik di lingkungan universitas dan masyarakat. Rektor diangkat/diberhentikan oleh Yayasan untuk masa jabatan 4 tahun, setelah melalui proses pemilihan yang diadakan khusus dalam suatu rapat terbuka Senat Universitas. Berikut ini adalah susunan Pimpinan Universitas Wiraraja periode 2014-2018:

Dr. Hj. Alwiyah, SE., MM.

Dr. Hj. Alwiyah, SE., MM.

Rektor
Mohamad Harun, ST., MT.

Mohamad Harun, ST., MT.

Pembantu Rektor 1
Dr. Sjaifur Rachman, MH.

Dr. Sjaifur Rachman, MH.

Pembantu Rektor 2
Dedy Arfiyanto, SE., MM.

Dedy Arfiyanto, SE., MM.

Pembantu Rektor 3